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真菌基因組測序

微生物基因組de novo測序,是一種在無參考基因組的情況下,對微生物基因組序列進行從頭組裝,并結合數據庫對基因組進行注釋,以此為基礎開展相關下游分析的產品。我們采用讀長更長的Pacbio三代測序技術,能夠保證基因組序列組裝的完整性。同時,根據不同的研究目的,我們還提供基因組框架圖,精細圖和完成圖三種研究策略,以滿足客戶的不同需求。隨著測序技術的發展、測序成本的降低,完成某微生物物種的全基因組序列圖譜已成為必然趨勢。一個物種基因組序列圖譜的完成,將帶動該物種一系列后續研究的開展。

應用領域
1、物種分類地方鑒定
2、物種進化分析

技術路線

分析內容
標準信息分析
1. 去除接頭污染和低質量數據
2. 數據產出及質控統計

高級信息分析
1. 真菌框架圖組裝、組裝結果優化和評價
2. 基因組組分分析
    真菌基因預測:默認使用Augustus(有近緣參考序列)或GeneMark-ES(無近緣參考序列)
    真菌重復序列分析
    真菌非編碼RNA 預測
3. 基因基本功能分析
    基因KEGG功能注釋與統計
    基因KOG功能注釋與統計
    基因SwissProt功能注釋與統計
    基因NR功能注釋與統計
    基因GO功能注釋與統計
    基因結構域分析(Pfam)
4. 真菌致病相關分析
    基因PHI功能注釋與統計
    基因CAZy功能注釋與統計
    真菌分泌蛋白預測
    真菌次生代謝基因簇分析
    定制化信息分析(請選擇需要分析內容)
可根據客戶需求協商制定
1、共線性分析(2 reference)
2、基因家族分析(2≤reference≤5)
3、共有和特有基因分析(2≤reference≤4)
4、系統進化樹分析 (需提供不少于5個近源物種及作圖基因信息)

樣品要求
1)樣品類型: DNA/菌體;
2)樣品需求量:菌體樣本:≥5g; 框架圖基因組DNA:≥2μg;完成圖基因組DNA:≥10μg;
3)樣品濃度:≥30ng/µL;
4)樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染。

項目周期
一般30個工作日,具體視基因組大小而定。

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