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基因組de-novo測序

基因組denovo測序即從頭測序,是不依賴于任何參考序列對某物種進行測序,通過生物信息學分析手段進行拼接、組裝,從而獲得該物種全基因序列圖譜。隨著測序技術的發展、測序成本的降低,完成各物種的全基因組序列圖譜已成為必然趨勢。一個物種基因組序列圖譜的完成,將帶動該物種一系列后續研究的開展。

應用領域

基因組survey評估
全基因組組裝及注釋
物種進化分析

技術路線

分析內容

1. 數據處理:去除接頭序列、污染序列等;
2. 基因組組裝:原始數據統計、測序深度分析、覆蓋度統計、GC含量分析等;
3. 基因組注釋:基因預測、基因功能注釋、重復序列分析、非編碼RNA注釋等;
4. 比較基因組學及進化分析:物種系統發育樹構建、基因家族鑒定、基因共線性分析等;
5. 個性化分析。

樣品要求

樣品濃度≥200ng/uL;總量≥500ug;OD260/280 = 1.8~2.0。(所需的DNA量與所構建的文庫數量以及文庫類型有關)

項目周期

一般約7個月,具體完成時間視基因組大小及復雜程度而定。時間從樣品檢測合格開始計算,不包括由于樣品問題而導致實驗停滯的時間。

參考文獻

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