高频彩什么时候关闭

三代測序最新升級Sequel 通量更高成本更低周期更短!

2018/10/08
分享到:
第三代測序技術Pacbio利用單分子實時測序(SMRT)技術,基本原理是利用熒光標記的脫氧核苷酸,實時記錄熒光的強度變化。無需組裝即可直接獲取5'端到3'端完整的全長轉錄本,具有超長的讀長(平均15kb)。

第三代測序技術Pacbio利用單分子實時測序(SMRT)技術,基本原理是利用熒光標記的脫氧核苷酸,實時記錄熒光的強度變化。無需組裝即可直接獲取5'端到3'端完整的全長轉錄本,具有超長的讀長(平均15kb)。
因此可得到更高質量的轉錄本,有利于mRNA結構的研究,如可變剪切、融合基因、等位基因表達等。全長轉錄本的研究越來越熱門,發表的文章影響因子也比簡單用二代測序RNA-seq要高。

 
圖1SMRT測序原理圖

推薦---最新升級的Sequel:測序通量更高、單Gb測序成本更低、項目周期更短!

產品特點
1超長讀長
平均讀長8~15kb,最長可達到約80kb,輕松解決二代測序所不能解決的重復序列問題;
2通量高
一個SMRT cell含有100萬個ZMW,可產生5~10Gb數據;
3無GC偏好性
在高GC含量區可以完全跨過;
無PCR擴增偏向性不像二代測序通過大規模PCR擴增形成簇,三代測序在測序過程中無需大規模PCR擴增;
4直接檢測堿基修飾DNA鏈合成過程中,形成的每兩個相鄰的脈沖峰之間有一定的距離,如果有堿基修飾,兩個相鄰峰之間距離加大,根據距離變化可以判斷模板相應位點是否出現堿基修飾。

 
圖2實驗建庫流程示意圖

樣本要求

樣品濃度:總RNA濃度≥300ng/ul;
樣品總量:總RNA量> 10 ug;
樣品純度:OD260/280:1.6~2.2;OD260/230:1.4~2.5;
膠圖檢測:條帶清晰,無明顯降解,無DNA污染;
2100檢測:RIN值≥7.5,基線平整,200-1200bp 無峰帶。 數據量:單個組織:至少8G;
混合樣本:15G-20G。

分析方法

 
圖3 分析方法

案例聯合二代和三代測序揭示楊樹轉錄組發育動態 發表期刊:Plant Biotechnology Journal(2018)影響因子:6.305 所有木本植物和一些非木本樹木都經歷了初級和次級生長,二次生長產生的生物量是生物燃料的來源。楊樹(Populus)被用作研究二次生長的模型,了解楊樹如何調節從初級生長到次生生長的轉變可以幫助改善生物量生產。
聯合二代和三代轉錄組測序,對南林895楊樹(Populus Nanlin895)的枝端、1-3莖節和4-5莖節分別進行研究。


 
圖4 三個樣本isoforms分布維恩圖(左)和樣本isoforms鑒定餅圖(右)

三代測序獲得887,877 (55%)條全長序列,87,150條isoforms。枝端有22,146條組織特異isoforms,1-3莖節有17,017條,以及4-5莖節有18,464條(圖4左)。將isoforms比對到楊樹基因組(Pt_v3.0),25,092條與基因組相同,59,977條為注釋新isoforms,1575條可能為新基因(圖4右)。接下來鑒定了1187個lncRNA和356個融合基因,均存在高度的組織特異性。

 
圖5 頂芽與1-5莖節差異表達的轉錄本K-means聚類和富集分析

二代測序發現了來源于9,950個差異基因的15,838個差異轉錄本,K-means聚類將差異轉錄本分為9類。GO富集分析揭示細胞分裂和氧化還原在初級和次級生長期間都很重要,且不同發育階段參與這些過程的基因不同(圖5)。在楊樹頂芽生長過程中,初生細胞壁和細胞伸長相關,次生細胞壁與水和物質運輸有關;初生和次生細胞壁相關的轉錄本在莖中存在優勢表達。

參考文獻
Chao Q, Gao Z F, Zhang D, et al. The developmental dynamics ofthe Populus stem transcriptome[J]. Plant biotechnology journal, 2018 

高频彩什么时候关闭