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10x單細胞V(D)J測序 精準研究細胞群體免疫特征

2018/09/14
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基迪奧10x Genomics單細胞V(D)J測序,基于微流體平臺,特異性提取富集TCR/BCR區域RNA,通過比對、拼接、篩選、注釋等對單個細胞進行免疫組庫構建,分析得到TCR/BCR多樣性序列,從而以高通量、高分辨率獲得細胞群體的免疫特征。

產品介紹

TCR/BCR為T/B淋巴細胞表面的特征性標志,作用是識別抗原。細胞發育過程中存在復雜的V(D)J重排機制,導致TCR/BCR基因序列多樣性極為豐富,這些序列多樣性的集合稱為免疫組庫(Immune Repertoire,IR)。

基迪奧10x Genomics單細胞V(D)J測序,基于微流體平臺,特異性提取富集TCR/BCR區域RNA,通過比對、拼接、篩選、注釋等對單個細胞進行免疫組庫構建,分析得到TCR/BCR多樣性序列,從而以高通量、高分辨率獲得細胞群體的免疫特征。

圖1  TCR/BCR結構與V(D)J重排

技術優勢

1一次測序可檢測八個樣本,一個樣品可進行500-10000個細胞分析 

2實驗周期短,7min內可完成上萬細胞的封裝 

3針對TCR/BCR的全長V(D)J序列進行測序

4可獲得單細胞的配對TCRα/β和BCR重鏈/輕鏈信息

應用領域

1腫瘤免疫微環境變化 

2免疫療法 

3自身免疫性疾病和炎癥性疾病

4傳染性疾病和疫苗研發

5移植和免疫重建

樣本要求

1細胞類型:新鮮細胞懸液(人或鼠)

2樣本來源:流式分選、磁珠富集、組織解離、新鮮外周血、凍存細胞 

3細胞活性:活細胞數在90% 以上

4保存運輸:為了減少樣品寄送對細胞造成的損失與損傷,基迪奧提供上門服務

生物信息分析

1比對與注釋

2Clonotype分型

3特征分析

 CDR3特征分析 

 V/J基因特征分析 

 V-J paired特征分析

4多樣本分析

 樣本間Clonotypes比較 

 Overlapping Clonotype聚類分析 

 Overlapping Clonotype差異分析

研究策略推薦

利用10X Genomics平臺標記cDNA后,可以根據不同的研究目的進行文庫選擇: 5’基因表達文庫、TCR的V(D)J 文庫、BCR的 V(D)J 文庫。

將cDNA分成2份,同時進行TCR/BCR的V(D)J測序和5’單細胞轉錄本測序,獲得每個細胞5’基因表達數據和V(D)J全長序列,隨后基于兩種數據庫進行細胞亞群聚類、亞群表達特征、標記分子篩選等分析。

圖2  The Chromium Single CellImmune Profiling Solution流程

部分分析內容

圖3  Clonotype豐度分布

圖4  CDR3氨基酸序列長度分布

圖5   V/J基因表達聚類熱圖     

圖6  V-J paired 頻率Circos圖

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